Auditul a evidențiat, de asemenea, deficiențe în procesul de identificare, evaluare și aprobare a proiectelor, inclusiv întârzieri, abateri procedurale, și necorelarea contractelor de finanțare cu obligațiile bugetare existente. Aceste disfuncționalități au afectat ritmicitatea finanțării, transparența procesului decizional și echitatea alocării resurselor.

În etapa de implementare a proiectelor, au fost identificate cazuri de stopare a finanțării, monitorizare incompletă, deficiențe tehnice și operaționale, cheltuieli care nu au fost direct legate de realizarea obiectivelor proiectelor, precum și nerespectarea contractelor de finanțare și a graficelor de debursare. Totodată, lipsa evaluării post-implementare a proiectelor a împiedicat aprecierea eficacității investițiilor și a impactului acestora asupra mediului.

Curtea de Conturi a formulat un set de recomandări menite să contribuie la îmbunătățirea cadrului normativ și instituțional, la consolidarea capacității de planificare și monitorizare, la sporirea transparenței și responsabilității în gestionarea Fondului Național pentru Mediu, precum și la utilizarea mai eficientă a resurselor publice destinate protecției mediului.